Manfred Grabherrs forskargrupp

Beräkningsgenomik och evolutionär bioinformatik

Ny sekvenseringsteknik har det senaste decenniet fört med sig en enorm mängd genetiska data och en fördjupad inblick i genetikens betydelse för liv. Trots detta är många frågor fortfarande obesvarade, exempelvis hur evolutionära krafter har format de kodande regionerna i vår arvsmassa samt vilka funktioner icke-kodande och intergeniska regioner kan tänkas ha. Forskningen som bedrivs av Grabherr och hans medarbetare är inriktad på att utveckla och tillämpa algoritmer och metoder för att utforska sekvensdata och svara på ett brett spektrum av biologiska frågor.

En viktig del av vårt arbete är att använda transkriptomik, dvs. analys av den repertoar av mRNA som uttrycks i ett visst prov under vissa förhållanden. Sådana data kan ge värdefulla insikter i geners funktion samt vägleda vid sökandet efter okända gener eller regioner i genomet som ännu inte är väl undersökta. Dessutom använder vi komparativ genomik med syftet att studera variation inom populationer och mellan arter. Denna kunskap kan användas för att förstå hur artbildning uppstår på genetisk nivå eller för att spåra ett evolutionärt släktskapmellan gener, som exempelvis är inblandade i sjukdomar. Slutligen arbetar vi i nära samarbete med andra forskargrupper för att undersöka samspelet mellan regleringsmekanismer och uttryck, blanda annat undersöker vi rollen av som små icke-kodande RNA i eukaryota celler via t.ex. RNA-interferens och andra former av RNA bearbetning.

För att hjälpa oss i vår forskning utvecklar vi algoritmer och metoder för transkriptom assembly, proteinkarakterisering, hel-genom alignments och identifiering av RNA-RNA recognition sites. 

 

Anställda och övriga verksamma

Länkarna nedan leder till universitetets personalkatalog